Com uma estrutura completa, a UNIFEOB possui dois campus:
No Campus Centro está localizado o Centro Cultural, O CEJUSC (Centro Judiciário de Solução de Conflitos), Escritório Modelo do Curso de Direito e o Juizado Especial Civil.
No Campus Mantiqueira estão localizados os laboratórios dos cursos da área de Saúde, assim como outros 04 laboratórios de Informática, biblioteca, Central de Relacionamento, um moderno Hospital Veterinário e demais espaços de apoio aos cursos. Possui ainda cantinas, praça de alimentação com food truck, quadra poliesportiva, amplo estacionamento e prédios construídos especialmente para receber os universitários.
Além de seus dois campi, a instituição conta com uma Fazenda Escola que possui mais de 150 hectares, onde são desenvolvidas atividades práticas e interdisciplinares.
Junto a Santa Casa de Misericórdia “Dona Carolina Malheiros”, localizada em São João da Boa Vista, a UNIFEOB mantém a Clínica Escola de Fisioterapia, equipada com os mais modernos aparelhos para atividades práticas do curso e para atendimento da comunidade.